O julgamento de Bolsonaro e outros réus seguirá o regimento interno do STF e a Lei 8.038/1990. De acordo com o rito,  relator, ministro Alexandre de Moraes, iniciará a sessão com a leitura do relatório do caso, fazendo uma breve recordação do que sustenta a denúncia e do que apresenta as defesas do réus. Em seguida, a acusação será feita pelo procurador-geral da República, Paulo Gonet, que terá até duas horas para sustentar a denúncia, apontando como cada um dos denunciados atuou e produzindo as provas. Depois, os advogados dos réus terão até uma hora cada para defesa, nessa etapa é possível que ocorra a maior parte do julgamento, em razão da grande quantidades de réus envolvidos na trama golpista.

A votação seguirá a ordem: Alexandre de Moraes (relator), Flávio Dino, Luiz Fux, Cármen Lúcia e Cristiano Zanin. A condenação ou absolvição ocorrerá por maioria simples, ou seja, três votos.

Há a possibilidade de pedido de vista por algum ministro, pedindo maior prazo para analisar o processo, o que suspenderia o julgamento por até 90 dias.

Mesmo em caso de condenação, a prisão dos réus não será imediata. Ela só poderá ocorrer após o julgamento dos recursos. Militares e delegados da Polícia Federal, como alguns dos acusados, podem cumprir pena em prisão especial, conforme prevê o Código de Processo Penal.